Psilocybe subhoogshagenii se ha registrado en Colombia y Ecuador, con un área de extensión de presencia (EOO) estimada de 15.163 km2 y un área de ocupación (AOO) estimadas en la plataforma sRedList, que se basa en ocurrencias conocidas de los registros de especímenes y en reescalar el mapa del Área de Hábitat a una cuadrícula de 2x2 km, cuyo límite inferior de 8 km2 y el superior es de 696 km2 (Cazalis et al. 2024). Este rango supone que todo el hábitat adecuado estaría ocupado por la especie; sin embargo, esto no puede asumirse con certeza, ya que la población para esta especie es muy pequeña y restringida a sólo dos localidades. En Colombia pese a que el ecosistema donde se registró la especie se encuentra en estado de Preocupación Menor (LC) de acuerdo a la Lista Roja de Ecosistemas (LRE) de Colombia de la UICN, existen actividades antrópicas que representan una amenaza significativa para su conservación tales como la expansión de frontera con pastos introducidos para ganadería; agricultura de colonización con cultivos ilícitos e intensificación agrícola; degradación local de suelos por compactación y erosión superficial (Etter et al. 2017). En Ecuador, los ecosistemas forestales asociados al hábitat donde se ha registrado P. subhoogshagenii, se encuentran catalogados como En Peligro (EN) en la Lista Roja de Ecosistemas (LRE) de la UICN y adicional a las actividades amenazantes identificadas para los ecosistemas de Colombia también se han identificado amenazas como la expansión de plantaciones de cacao y banano, la minería, la construcción de carreteras, la extracción de madera, la tala comercial y las tasas de deforestación más altas de Sudamérica (Noh et al. 2020). Lo que implica la pérdida y fragmentación de la calidad del hábitat para el hongo; dicha pérdida ha sido identificada como una de las principales amenazas con el potencial de afectar rápidamente a toda la población (>90%), y es probable que provoque descensos rápidos de las poblaciones de P. subhoogshagenii (IUCN 2013). Por consiguiente, la especie se ajusta a los umbrales de la categoría En Peligro (EN) bajo el Criterio B2ab(iii) debido a su AOO reducido, los individuos se encuentran en subpoblaciones pequeñas y relativamente aisladas es decir severamente fragmentadas, las pequeñas subpoblaciones pueden extinguirse con una probabilidad reducida de recolonización; sumado al deterioro continuo de la calidad de los hábitats. Adicionalmente se ajusta a los umbrales de la categoría Vulnerable (VU) bajo los Criterios B1ab(iii)+2ab(iii), debido a su EOO y AOO reducidos (UICN 2012, Comité de Estándares y Peticiones de la UICN 2019).
Cabe tener en cuenta que el pequeño tamaño poblacional o de individuos maduros estimados en cada subpoblación es menor a 50 individuos maduros, por lo cual, se ajusta a la categoría En Peligro Crítico (CR) bajo el Criterio C2a(i). El tamaño poblacional estimado para la especie es muy pequeño ya que no se conocen reportes adicionales sobre la observación o colecta en campo de la especie desde los años 1987 y 2002 en Ecuador y Colombia respectivamente (Guzmán et al. 2004; MyCoPortal 2025). Por lo tanto, la especie se ajusta a la categoría En Peligro Crítico (CR) bajo el Criterio D, de acuerdo con los umbrales establecidos para este criterio, un tamaño poblacional pequeño basta para que aumente el riesgo de extinción.
Considerando que el Área de ocupación (AOO) es restringida, típicamente menor a 20 km2 y que la especie está expuesta a amenazas continuas en el tiempo y el número de localidades reducidas en las que se conoce, es probable que estos factores contribuyan a su disminución o eventual desaparición, incrementando el riesgo de que P. subhoogshagenii se encuentre En Peligro Crítico (CR) o potencialmente Extinta (EX) en un muy corto plazo, teniendo en cuenta los umbrales de la categoría Vulnerable (VU) bajo el Criterio D2. Al asignar la categoría más alta, la especie es evaluada como En Peligro Crítico (CR) bajo los Criterios C2a(i); D (IUCN 2012, Comité de Estándares y Peticiones de la UICN 2019).

Psilocybe subhoogshagenii es una especie cercana a Psilocybe hoogshagenii var. hoogshagenii R. Heim, pero presenta pleurocistidios más gruesos, 8-12 (-13) µm de ancho, y más ventricosos, no lageniformes. Asimismo, es similar a Psilocybe cabiensis pero este se diferencia por los pleurocistidios muy escasos y pequeños, y también por su forma. P. cabiensis crece solitario, a diferencia de P. subhoogshagenii, que crece gregariamente. Ambas especies pertenecen a la sección Cordisporae Guzmán, por la forma y estructura de las esporas y el rasgo azulado. Son hongos neurotrópicos, como todos los hongos Cordisporae (Guzmán et al. 2004).

Psilocybe subhoogshagenii debe considerarse para una evaluación de la Lista Roja Global debido a su distribución geográfica extremadamente restringida, su tamaño poblacional muy pequeño y la intensa y continua pérdida de calidad del hábitat a lo largo de toda su área de distribución conocida en Colombia y Ecuador. La especie sólo se conoce de dos localidades, con un tamaño poblacional total estimado de aproximadamente 20 individuos maduros, lo que implica un alto riesgo de extinción por efectos estocásticos y perturbaciones locales. Además, su Área de Ocupación (AOO) es restringida y en una de las localidades en Ecuador, se encuentra dentro de ecosistemas forestales catalogados como En Peligro (EN) según la Lista Roja de Ecosistemas de la UICN, adicionalmente, los ecosistemas en ambos países están sometidos a fuertes presiones antrópicas como deforestación, expansión agrícola y ganadera, minería, infraestructura vial y degradación del suelo. Estas amenazas tienen el potencial de afectar a más del 90% de la población, provocando descensos rápidos y severos. En conjunto, estos factores cumplen claramente los umbrales de la categoría En Peligro Crítico (CR) bajo los Criterios C2a(i) y D, lo que justifica su inclusión y evaluación prioritaria en la Lista Roja Global.

Psilocybe subhoogshagenii se ha reportado en Colombia en el departamento del Chocó al Sur Este del municipio de Quibdó (Guzmán et al. 2004, Guzmán et al. 2004a). Y en Ecuador se ha reportado para la provincia de Pichincha en el cantón de Puerto Quito (MyCoPortal 2025).

El tamaño poblacional se estimó siguiendo a Dahlberg and Mueller (2011), utilizando el concepto de individuo funcional, lo que permite una estimación comparable del tamaño poblacional para su inclusión en evaluaciones de riesgo de extinción. Para hongos terrestres un individuo funcional se define como el conjunto de esporocarpos de una misma especie presentes dentro de un diámetro de 10 m, generalmente atribuibles a un mismo geneto. A partir del número de localidades registradas se estimó el número de individuos funcionales y, mediante reglas de conteo estandarizadas, este valor se transformó en una estimación del número de individuos maduros. En Colombia Psilocybe subhoogshagenii se ha recolectado en el departamento del Chocó, municipio de Quibdó, que corresponde al ejemplar Tipo, para esta localidad se estima que existen alrededor de 10 individuos maduros (Guzmán et al. 2004). En Ecuador se ha recolectado P. subhoogshagenii en la localidad de Puerto Quito en la provincia de Pichincha, se estima que el número de individuos maduros en esta localidad es de 10 individuos (MyCoPortal 2025). El tamaño poblacional total estimado para P. subhoogshagenii es de 20 individuos maduros. Un tamaño poblacional muy pequeño, sumado a la existencia de amenazas antrópicas y la intensa y continua pérdida de calidad del hábitat a lo largo de toda su área de distribución conocida en Colombia y Ecuador tienen el potencial de afectar a más del 90% de la población, provocando descensos rápidos y severos (IUCN 2013).

Psilocybe subhoogshagenii es un hongo que crece comúnmente asociado a suelos arcillosos sin hierba, en Colombia se ha encontrado en tierras bajas dentro de ecosistemas del zonobioma del Bosque Húmedo Tropical perennifolio del departamento de Chocó (Guzmán et al. 2004). De hábito gregario y cespitoso, en Ecuador se ha registrado en un bosque tropical lluvioso primario en la provincia de Pichincha (MyCoPortal 2025). La formación de basidiomas ocurre en mayo y septiembre según los registros de colecta (Guzmán et al. 2004, MyCoPortal 2025).

La principal amenaza conocida para Psilocybe subhoogshagenii es la pérdida y fragmentación de su hábitat, como consecuencia directa de la expansión de la frontera agrícola con pastos introducidos, agricultura de colonización y altas tasas de deforestación. P. subhoogshagenii se ha encontrado asociado a ecosistemas de tierras bajas del zonobioma del Bosque Húmedo Tropical perennifolio en Colombia y Bosque Tropical lluvioso primario en Ecuador. El ecosistema en la localidad donde se registró la especie en Colombia se encuentra en estado de Preocupación Menor (LC) de acuerdo a la Lista Roja de Ecosistemas (LRE) de Colombia (Etter et al. 2017). Sin embargo, existen actividades antrópicas como la expansión de frontera con pastos introducidos para ganadería; agricultura de colonización con cultivos ilícitos e intensificación agrícola; degradación local de suelos por compactación y erosión superficial. Por otro lado, los bosques nativos de Ecuador han sido destruidos, fragmentados y asociados con perturbaciones antrópicas, como la expansión agrícola, el pastoreo, las plantaciones de cacao y banano, la minería, la construcción de carreteras, la extracción de madera, la tala comercial y las tasas más altas de deforestación de Sudamérica; de acuerdo con la Lista Roja de Ecosistemas de la UICN, actualmente el 22% de los ecosistemas forestales del Ecuador se encuentran En Peligro (EN) (Noh et al. 2020, Barros-Diaz 2024). En consecuencia, estas actividades de expansión y cambio en el uso del suelo, podrían contribuir de manera significativa a la alteración y degradación de los hábitats para P. subhoogshagenii, la conversión y degradación de los ecosistemas puede afectar a toda la población (>90%), y es probable que provoque descensos rápidos de sus poblaciones (IUCN 2013).

Psilocybe subhoogshagenii tiene registro de presencia dentro o en cercanías a las siguientes Áreas Protegidas existentes que pueden contribuir a su conservación:
En Colombia:
En el departamento de Chocó, en el Municipio de Quibdó en cercanías (0,93 km) de áreas de Hallazgos Arqueológicos de importancia para la protección en Tierras bajas húmedas subtropicales/tropicales, así como en áreas de Tierras de Comunidades Negras TCN: Mayor del Medio Atrato Acia en los municipios Medio Atrato (Beté), Bojayá (Bellavista), Carmen del Darién (Curbaradó), Quibdó, Atrato (Yuto), Lloró y en el departamento de Antioquia en los municipios de Urrao, Vigía del Fuerte y Murindó en áreas de Reservas Forestales L2: Pacífico en el Municipio de Quibdó (Etter et al. 2017).
En Ecuador:
Provincia de Pichincha, en el cantón de Puerto Quito, en la Reserva ENDESA.
Dado que los ecosistemas forestales y hábitats para P. subhoogshagenii tanto en Colombia como Ecuador experimentan fuertes presiones antrópicas y en Ecuador se encuentra En Peligro (EN) debido a actividades que representan una amenaza significativa para su conservación; se hace necesario mejorar los hábitats degradados o restaurar las funciones del ecosistema y las funciones perdidas, así como la urgente modificación de la política de uso de la tierra para reducir o detener la deforestación y la expansión de la frontera con pastos introducidos para ganadería y agricultura, acompañada de actividades de sensibilización y capacitación sobre el conocimiento, la importancia de la conservación de los bosques y selvas tropicales y los hongos que los habitan, destacando la importancia de sus roles ecológicos en estos ecosistemas. Adicionalmente se necesita ampliar parques públicos o privados, reservas y otras áreas protegidas y generar planes de conservación a largo plazo para las áreas en donde se ha recolectado y las potenciales áreas de distribución; también son necesarios el mantenimiento y gestión adecuadas del hábitat, diseño del sitio, demarcación de fronteras, construcción de vallas, capacitación del personal de áreas protegidas, control de la deforestación furtiva. Asimismo, elaborar e implementar normativas o leyes para promover el reconocimiento explícito de los hongos como parte esencial de la biodiversidad, su conservación e inclusión en programas de regulación ambiental, planes de monitoreo, ordenamiento ambiental del territorio y agendas de conservación nacional e internacional, supervisando el cumplimiento de las leyes; finalmente, el desarrollo de empresas que dependan directamente del mantenimiento de los recursos naturales o proporcionen medios de vida sustitutos para cambiar comportamientos y actitudes (IUCN 2013).

Es necesario ampliar la investigación en torno a su distribución e inventario en campo, incluyendo áreas de distribución en Bosques Húmedos Tropicales, que han sido poco o nada exploradas, generar secuencias de ADN para posteriores estudios taxonómicos, moleculares e inferencia filogenética, determinar cómo ha cambiado la población en el pasado; ampliar la investigación en torno a su uso sostenible y de bioprospección, las medidas necesarias para conservar, recuperar o mejorar el estado de conservación de la especie y monitorear continuamente la tendencia poblacional a futuro.

Guzmán et al (2004a) mencionan que Psilocybe subhoogshagenii por sus propiedades organolépticas y el manchado de color hacia el azul de los basidiomas, pertenece a las especies que están adscritas a los hongos neurotrópicos. Aunque en la actualidad no se ha encontrado reportes sobre su uso, en Guzmán et al (2004) se menciona a Psilocybe subhoogshagenii como especie perteneciente a los hongos Psilocybes con propiedades neurotrópicas y se discute que existe evidencia que sugiere el posible uso indígena de hongos neurotrópicos en América del Sur, sustentada en el análisis de pectorales de oro del Darién atribuidos a los indígenas Quimbaya (Schultes and Bright 1979). Estas piezas, actualmente conservadas en el Museo del Oro de Bogotá, corresponden a figuras antropomorfas de entre 65 y 116 mm de altura, las cuales presentan dos pequeñas cúpulas en la cabeza con forma de hongos, incluyendo un estípite. Un rasgo distintivo importante en estas representaciones es la presencia de dos alas ubicadas a ambos lados de las figuras. Schultes and Bright (1979), en concordancia con lo propuesto previamente por Pérez de Barradas, quien en 1954 discutió, que las dos cúpulas aluden al consumo de hongos. Asimismo, señalan que en diversas culturas indígenas de México los hongos sagrados se ingieren en pares, lo que refuerza la asociación simbólica con las dos estructuras observadas en las figuras (Guzmán et al. 2004). Por otra parte, los efectos de estos hongos, frecuentemente descritos como una sensación de vuelo, podrían explicar la presencia de las alas. En conjunto, estos elementos apoyan la hipótesis de que los pectorales de oro fueron elaborados por comunidades indígenas colombianas en el contexto de prácticas rituales vinculadas con el culto a los hongos neurotrópicos (Guzmán et al. 2004).