La información sobre el tamaño de la población, las tendencias y la distribución de esta especie son insuficientes, ya que se conoce exclusivamente del ejemplar tipo colectado en 1971 y no existen reportes adicionales e información actualizada. Pese a que se conoce que Psilocybe pintonii se ha encontrado en montañas altoandinas, en ecosistemas de páramos con Espeletia y que la localidad en donde se registró P. pintonii se encuentra a 0,95 kilómetros del ecosistema que se ha clasificado en estado de Preocupación Menor (LC) de la Lista Roja de Ecosistemas (LRE) de Colombia, cabe resaltar que los páramos son ecosistemas susceptibles de sufrir procesos amenazantes debido a los efectos del cambio climático (Hofstede et al. 2014), la existencia de actividades antrópicas y procesos amenazantes para el ecosistema en el sitio de colecta de la especie (Etter et al. 2017). Adicionalmente, se desconoce el área de ocupación AOO, Extensión de Presencia EOO y extensión del hábitat adecuado, por lo tanto, es evaluada como Datos Insuficientes DD. Cabe resaltar que clasificar a un taxón en esta categoría no significa que no esté amenazado, pero si se debe considerar como medida de precaución y se debe otorgar el mismo grado de protección que a las especies amenazadas, al menos hasta que se disponga de información suficiente para determinar su verdadero estado (Butchart and Bird 2010, Comité de Estándares y Peticiones de la UICN 2019).

Psilocybe pintonii es cercana a Psilocybe argentipes K. Yokoy. (actualmente como Psilocybe subcaerulipes Hongo) de Japón y Psilocybe muliercula Singer & A.H. Sm. de México, pero la forma de los queilocistidios las separa, así como el hábitat. Esta especie recibe su nombre en honor al Dr. Polidoro Pinto, botánico de la Universidad de Colombia, quien ayudó al autor en sus dos viajes a Colombia en 1965 y 1971 (Guzmán 1983).

Psilocybe pintonii debe considerarse para una evaluación de la Lista Roja Global debido a la escasez de información disponible, su distribución es muy restringida, el tamaño poblacional estimado es bajo y la alta vulnerabilidad de su hábitat, lo que sugiere que la especie podría enfrentar un alto riesgo de extinción. P. pintonii es conocida exclusivamente del ejemplar tipo colectado en 1971 en un ecosistema de páramo altoandino en Colombia, sin registros adicionales ni información actualizada sobre su distribución, tamaño poblacional, Área de Ocupación (AOO) o Extensión de Presencia (EOO). Los páramos son ecosistemas altamente sensibles al cambio climático y a diversas presiones antrópicas, que podrían afectar potencialmente a la totalidad de la población conocida (>90%). Aunque el ecosistema cercano ha sido clasificado como de Preocupación Menor (LC) en la Lista Roja de Ecosistemas de Colombia, la naturaleza frágil y estratégica de los páramos, junto con la falta de monitoreo y registros recientes, sugiere un escenario de riesgo elevado para la especie. Aunque la especie se clasifica como Datos Insuficientes (DD), bajo la medida de precaución de la UICN requiere el mismo nivel de atención que las especies amenazadas, por lo que es prioritaria su evaluación en la Lista Roja Global y la realización de estudios de campo urgentes.

Psilocybe pintonii es un hongo que se ha reportado en Colombia, con un único registro en el departamento de Cundinamarca en la carretera que conduce del municipio de La Calera a La Mina, hacienda La Siberia, cerca del ramal del Rincón del Oso, a una altitud de 3.450-3.600 m (Guzmán y Varela 1978, Guzmán 1983).

El tamaño poblacional se estimó utilizando el concepto de individuo funcional, lo que permite una estimación comparable del tamaño poblacional para su inclusión en evaluaciones de riesgo de extinción. Para hongos terrestres un individuo funcional se define como el conjunto de esporocarpos de una misma especie presentes dentro de un diámetro de 10 m, generalmente atribuibles a un mismo geneto. A partir del número de localidades registradas se estimó el número de individuos funcionales y mediante reglas de conteo estandarizadas, este valor se transformó en una estimación del número de individuos maduros (Dahlberg and Mueller 2011). En Colombia Psilocybe pintonii se ha recolectado en el departamento de Cundinamarca, entre el municipio de La Calera a La Mina, el cual corresponde al ejemplar Tipo, por lo tanto, para esta localidad se estima que existe alrededor de 10 individuos maduros (Guzmán y Varela 1978, Guzmán 1983).
El ejemplar tipo de Colombia es el único registro del cual se tiene información; se encontró asociado al páramo, un ecosistema de montaña altoandina en el orobioma del Zonobioma de Bosque Húmedo Tropical y se colectó en 1971 (Pulido 1983), y desde ese entonces no existe información adicional, por lo tanto es difícil saber con exactitud la tendencia poblacional actual; además, la estimación de la localidad en donde se registró P. pintonii se encuentra a 0,95 kilómetros del ecosistema que se ha clasificado en estado de Preocupación Menor (LC) de la Lista Roja de Ecosistemas (LRE) de Colombia; aún así, este bioma es susceptible de sufrir procesos amenazantes debido a los efectos del cambio climático y la existencia de actividades antrópicas tales como: agricultura localizada, ganadería extensiva de vacunos y ovinos, pastos introducidos (Anthoxantum odoratum y Holcus lanatus), degradación de suelos por pisoteo de ganado, degradación y desecación de turberas, quemas, minería de carbón y contaminación de fuentes de agua (Etter et al. 2017). Estas presiones y actividades de expansión agropecuaria y cambio en el uso del suelo, podrían contribuir de manera significativa a la alteración y degradación del hábitat para P. pintonii, la conversión y degradación de los ecosistemas puede afectar a toda la población (>90%), y es probable que provoque descensos rápidos de las poblaciones de P. pintonii (IUCN 2013).

Psilocybe pintonii es un hongo que crece en el suelo sin vegetación herbácea, en alta montaña con Espeletia, en vegetación de páramos, en el orobioma del Zonobioma de Bosque Húmedo Tropical, recolectado en el departamento de Cundinamarca, en la carretera que conduce del municipio de La Calera a La Mina, hacienda La Siberia, cerca del ramal del Rincón del Oso, de hábito solitario o gregario en pequeños grupos. La formación de basidiomas ocurre de julio a agosto según el registro de colecta (Guzmán 1983).

La principal amenaza conocida para Psilocybe pintonii es la pérdida y fragmentación de su hábitat, como consecuencia directa de actividades de expansión agropecuaria, cambio en el uso del suelo y presión por el cambio climático. P. pintonii se ha encontrado dentro de ecosistemas de páramo, un ecosistema altoandino en el orobioma del Zonobioma de Bosque Húmedo Tropical en Colombia (Guzmán 1983). La estimación de la localidad en donde se registró P. pintonii se encuentra a 0,95 kilómetros del ecosistema que se ha clasificado en estado de Preocupación Menor (LC) de la Lista Roja de Ecosistemas (LRE) de Colombia; aún así, los páramos son ecosistemas estratégicos, esenciales para la regulación hídrica y el secuestro de carbono, así como hábitat de una gran diversidad de especies (Hofstede et al. 2014). Este bioma es susceptible de sufrir procesos amenazantes debido a los efectos del cambio climático y la existencia de actividades antrópicas tales como: agricultura localizada, ganadería extensiva de vacunos y ovinos, pastos introducidos (Anthoxantum odoratum y Holcus lanatus), degradación de suelos por pisoteo de ganado, degradación y desecación de turberas, quemas, minería de carbón y contaminación de fuentes de agua (Etter et al. 2017). La conversión y degradación de los ecosistemas puede afectar a toda la población (>90%), y es probable que provoque descensos rápidos de la población de P. pintonii (IUCN 2013).

Psilocybe pintonii tiene registro de presencia dentro o en cercanías a las siguientes Áreas Protegidas existentes que pueden contribuir a su conservación: En Colombia:
En el departamento de Cundinamarca, en el Municipio de La Calera en Complejos de Páramo: Chingaza Cordillera Oriental
En el Municipio de Guasca en cercanías (2 km) de áreas de Hallazgos Arqueológicos de importancia para la protección en el Zonobioma de Bosque Húmedo Tropical
En áreas de la Reserva Forestal Protectora Nacional Ríos Blanco Y Negro en los municipios de Fómeque, Guasca, Choachí, La Calera y El Calvario (Etter et al. 2017).
Debido a que el ecosistema y hábitat para P. pintonii experimenta presiones antrópicas por actividades que representan una amenaza significativa para su conservación; se hace necesario mejorar los hábitats degradados o restaurar las funciones del ecosistema y las funciones perdidas, así como la urgente modificación de la política de uso de la tierra para reducir o detener la expansión de la frontera agrícola y ganadera, fomentar el uso de prácticas de manejo sostenible de fuentes de agua, acompañada de actividades de sensibilización y capacitación sobre el conocimiento, la importancia de la conservación de los páramos y los hongos que los habitan, destacando la importancia de sus roles ecológicos en este ecosistema. Adicionalmente se necesita ampliar parques públicos o privados, reservas y otras áreas de protección y generar planes de conservación a largo plazo para las áreas en donde se ha recolectado y las potenciales áreas de distribución; también son necesarios el mantenimiento y gestión adecuadas del hábitat, diseño del sitio, demarcación de fronteras, construcción de vallas, capacitación del personal de áreas protegidas, control de la expansión agropecuaria, minería de carbón entre otras actividades amenazantes. Asimismo, elaborar e implementar normativas o leyes para promover el reconocimiento explícito de los hongos como parte esencial de la biodiversidad, su conservación e inclusión en programas de regulación ambiental, planes de monitoreo, ordenamiento ambiental del territorio y agendas de conservación nacional e internacional, supervisando el cumplimiento de las leyes; finalmente, el desarrollo de empresas que dependan directamente del mantenimiento de los recursos naturales o proporcionen medios de vida sustitutos para cambiar comportamientos y actitudes (IUCN 2013).

Es necesario y urgente ampliar la investigación en torno a su distribución e inventario en campo, incluyendo áreas de distribución en ecosistemas de páramos, que han sido poco o nada exploradas, generar secuencias de ADN para posteriores estudios taxonómicos, moleculares e inferencia filogenética, determinar cómo ha cambiado la población en el pasado; ampliar la investigación en torno a su uso sostenible y de bioprospección, las medidas necesarias para conservar, recuperar o mejorar el estado de conservación de la especie y monitorear continuamente la tendencia poblacional a futuro.

Guzmán (1983) discute que es muy probable que Psilocybe pintonii sea un hongo con propiedades neurotrópicas debido a su reacción azulada, su sabor y olor harinosos. Aunque en la actualidad no se han encontrado reportes sobre su uso, Guzmán et al (2004) mencionan a Psilocybe pintonii como especie perteneciente a los hongos Psilocybes con propiedades neurotrópicas; adicionalmente, se discute que existe evidencia que sugiere el posible uso indígena de hongos neurotrópicos en América del Sur, sustentada en el análisis de pectorales de oro del Darién atribuidos a los indígenas Quimbaya (Schultes and Bright 1979). Estas piezas, actualmente conservadas en el Museo del Oro de Bogotá, corresponden a figuras antropomorfas de entre 65 y 116 mm de altura, las cuales presentan dos pequeñas cúpulas en la cabeza con forma de hongos, incluyendo un estípite. Un rasgo distintivo importante en estas representaciones es la presencia de dos alas ubicadas a ambos lados de las figuras. Schultes and Bright (1979), en concordancia con lo propuesto previamente por Pérez de Barradas, quien en 1954 discutió, que las dos cúpulas aluden al consumo de hongos. Asimismo, señalan que en diversas culturas indígenas de México los hongos sagrados se ingieren en pares, lo que refuerza la asociación simbólica con las dos estructuras observadas en las figuras (Guzmán et al. 2004). Por otra parte, los efectos neurotrópicos de estos hongos, frecuentemente descritos como una sensación de vuelo, podrían explicar la presencia de las alas. En conjunto, estos elementos apoyan la hipótesis de que los pectorales de oro fueron elaborados por comunidades indígenas colombianas en el contexto de prácticas rituales vinculadas con el culto a los hongos neurotrópicos (Guzmán et al. 2004).